با سلام، بنظر من این مورد شبیه یه باگ هست، وقتی آخرین نسخه پایتون یعنی 3.9 بصورت پیشفرض نصب هست و توی ویکی هم عنوان شده که پکیج python3-spyder برای استفاده از اسپایدر با پشتیبانی از پایتون سه هست و خود اسپایدر هم با پایتون سه نوشته شده، دلیلی وجود نداره که dnf بخواد پایتون دو رو هم نصب کنه و همچنین چه نیازی به نصب پایتون‌های 3.5 و 3.6 و 3.7 و 3.8 هست وقتی پایتون ۳.۹ نصب هست؟
من شخصا ترجیح میدم تا جای ممکن از پکیج‌منیجر خود سیستم‌عامل برای نصب و بروزرسانی پکیج‌های معروف پایتون استفاده کنم بجای اینکه از pip استفاده کنم، البته این قضیه بیشتر سلیقه شخصی هست منتها بنظر میرسه تیم فدورا چندان توجهی به تعریف درست دیپندنسی‌ها برای پکیج‌های پایتون نداره.
و دلیل اینکه اینجا مطرح کردم اینه که اولا مطمئن نیستم دقیقا بشه به عنوان باگ بهش اشاره کرد و دوم اینکه نمیدونستم چطوری با استفاده از باگزیلا گزارشش کنم، چند تا نمونه از گزارش‌ها رو دیدم ولی یخورده سطح زبان انگلیسیم پایینتر از اونه که بتونم گزارش کامل و خوانایی مثل اونا بنویسم.